Na pôde mesta Prešov sa divadlo hralo už v sedemnástom storočí - v latinčine, maďarčine, nemčine, slovenčine, ba aj v šarištine. Okrem zájazdových divadiel, ktoré v Prešove často vystupovali, sa darilo aj amatérskemu divadlu. Práve jeden z amatérskych spolkov - spolok Záborský - sa stal ohnivkom spojenia ochotníckeho divadla s profesionálnym.
Divadelný súbor Jonáša Záborského v Prešove pri Miestnom odbore Matice slovenskej vznikol krátko po odchode Slovenského ľudového divadla z mesta (1941). Iniciátormi boli: riaditeľ rozhlasovej odbočky Anton Prídavok, predseda Matice slovenskej Alfonz Zauner, profesor Obchodnej akadémie František Rell, architekt, a potom prvý a vytrvalý scénograf Martin Brezina.
Prípravný výbor Družstva Slovenského divadla zasadal dňa 24. mája 1943. Valné zhromaždenie DSD dňa 21. júna 1943 prijalo stanovy a menovalo správu Družstva. 1. decembra 1943 bol do funkcie riaditeľa vymenovaný Andrej Chmelko.
Oficiálne bolo Slovenské divadlo v Prešove otvorené 30. januára 1944 v zrenovovanom Mestskom divadle (Historická budova DJZ) slávnostnou premiérou hry Ferka Urbánka Škriatok.
I keď divadlo začínalo ako činoherné, zakrátko sa na programoch začali objavovať tituly hudobných diel, čo viedlo v roku 1948 k vzniku novej samostatnej umelecko-interpretačnej zložky - súboru spevohry. Prvá spevoherná premiéra, Poľská krv Oskara Nedbala, sa konala 13. októbra 1948. Dramaturgia spevohry systematicky siahala nielen po tvorbe klasických velikánov operety, ale sledovala všetky nové trendy. Od 60-tych rokov priniesla muzikály a ponúkla aj niekoľko pokusov slovenskej pôvodnej tvorby.

Od 1. januára 1951 vstúpilo do platnosti Uznesenie Krajského národného výboru v Prešove, ktorým sa uskutočnilo prevzatie Slovenského divadla v Prešove ako príspevkovej organizácie do vlastníctva a správy KNV. Došlo aj k zmene názvu na Krajové slovenské divadlo v Prešove.
Dňa 8. mája 1954 nadobúda právnu účinnosť premenovanie Krajového slovenského divadla v Prešove na Divadlo Jonáša Záborského po významnom (ale i kontroverznom) slovenskom dramatikovi, historikovi a kňazovi Jonášovi Záborskom.
V roku 1969 boli reorganizáciou štátnej správy zrušené KNV, čím sa DJZ dostalo pod správu Ministerstva kultúry SR.
Koncom roku 1978 bolo rozhodnuté, že k DJZ od 1. januára 1980 pribudne nový súbor v Spišskej Novej Vsi - Pobočná scéna DJZ, súbor pre deti a mládež. Prvou premiérou súboru DaM bola dňa 11. januára 1980 inscenácia hry Ženský zákon Jozefa Gregora-Tajovského.

Od 70-tych rokov jednou z dôležitých charakteristík smerovania činohry bolo priam pravidelné uvádzanie nových slovenských titulov. Aj preto sa od roku 1989 stalo DJZ miestom, kde sa uskutočnilo niekoľko ročníkov Festivalu inscenácií pôvodných slovenských hier.
V 70-tych rokoch sa objavili i prvé pokusy o štúdiovú tvorbu, ktorou sa oba súbory snažili etablovať aj na pôde netradičných divadelných priestorov, titulov a koncepcií. Svojím spôsobom bol pokračovaním týchto ambícií a zároveň i hľadaním nových ciest (po presťahovaní sa súborov do novej budovy DJZ ) v 90-tych rokoch unikátny divadelný experimentálny projekt režiséra Petra Scherhaufera: Kemu ce treba, Kde leží naša bieda a Bocatius 98 - Open air environment.


O tom, že Prešov je divadelným mestom, svedčili aj celoštátne divadelné festivaly, ktorých organizovanie a hostiteľské povinnosti DJZ vždy bravúrne zvládlo. Úspešne sa prezentovalo aj na zájazdoch v Rakúsku, Poľsku, Maďarsku, Rusku, v štátoch bývalej Juhoslávie, v Nemecku, vo Švajčiarsku, Dánsku, Luxembursku, či Taliansku. Zaujímavá bola i vzájomná spolupráca s divadlom Theater Aufstand v rakúskom Welse (spoločné naštudovanie opery W. A. Mozarta Čarovná flauta v r.1993), rovnako ako hosťovanie zahraničných umelcov v činohre i v spevohre.

1. januára 1996 sa zlúčili Divadlo Jonáša Záborského v Prešove a Divadlo Janka Borodáča v Košiciach, čím vzniklo Východoslovenské divadlo, ktoré malo spolu 4 súbory (súbor činohry, súbor spevohry, súbor opery, súbor baletu).
1. októbra 1996 bolo VD premenované na Východoslovenské štátne divadlo v Košiciach.
Dňa 1. júla 1999 bolo znovu zriadené Divadlo Jonáša Záborského v Prešove a jeho zriaďovateľom sa stal Krajský úrad v Prešove.
Dňa 1. apríla 2002 bolo Divadlo Jonáša Záborského v Prešove preradené do zriaďovateľskej pôsobnosti Úradu Prešovského samosprávneho kraja v Prešove.
Dňa 27. júna 2005 boli uskutočnené zmeny organizačnej štruktúry a schválený nový Organizačný poriadok DJZ, ktorý nadobudol platnosť 1. júla 2005. Zrušili sa obidva samostatné umelecké útvary - činohra a spevohra a vznikol nový – útvar umelecký.
Od 23. júna 2004 post riaditeľa DJZ zastáva Mgr. Ján Hanzo.